Después de cinco años en la costa este, es hora de volver a casa.
GTA San Andreas cuenta la historia de un joven que huyó del pasado y de sus responsabilidades, una tragedia lo obliga a regresar a su ciudad natal obligando a enfrentarse a su pasado. Durante el transcurso de la historia lo vuelve a hacer, abandona su pasado y su hogar aunque al final recapacita y salda sus deudas.
Después de su llegada a Los Santos, CJ es interceptado por los agentes Frank Tenpenny, Pulaski y Hernández, el primero de ellos, el líder de una red de narcotráfico es presentado como el principal antagonista y su total control sobre CJ y el jugador.
Tras su llegada al hogar es recibido por Big Smoke quien lo lleva al cementerio junto a Sweet, Kendall y Ryder siendo Sweet quien comenta la decadente situación de los Families, recalcándole el abandono tanto a la banda como a su familia.
Los propios amigos a CJ no lo reciben de buena manera, pues lo ven como un rajado que abandono a la banda y su familia cuando más lo necesitaban tras el fallecimiento de su hermano Bryan Johnson, además de no mantener contacto con ellos tras su autoexilio impuesto en Liberty City.
El color verde es el color distintivo de la banda de los Families y tras la misión "Nines and AKs", Sweet obliga a CJ llevar algo verde si quiere demostrar que va enserio con la banda (además en el juego potencia una habilidad dentro del mismo, el respeto).
La pandilla es como una familia y es que todos se encuentran en la pequeña plaza del barrio de Ganton: Ryder, Sweet, OG Loc, excepto uno, Big Smoke.
Desde el inicio del juego, la historia da inicios de que Big Smoke quiere y va traicionar a la banda: Vive fuera de la plaza del barrio de Ganton, no estaba en el funeral de Beverly Johnson, alarga su pedido para hacer tiempo a unos Ballas y tampoco dispara cuando son atacados. Son pequeños indicios sobre la su futura traición y deslealtad a la banda.
Al final de la misión "The Green Sabre", CJ es sacado de la ciudad y Sweet es encarcelado bajo la amenaza de matarlo si CJ no hace trabajos para el C.R.A.S.H.
En el juego tras finalizar esta misión, CJ no recibe nada, ni respeto, ni dinero, ni música extra diegética, CJ acaba de perderlo todo y toca empezar de cero en un lugar desconocido.
Tras la perdida de la banda, CJ conoce a Catalina quien ayuda a atracar varias locales generando bastante dinero y esta última le da las escrituras del garaje de Doherty, San Fierro.
Por el camino conoce a Wu Zi Mu, jefe de la triada en San Fierro, abriendo grandes oportunidades en San Fierro.
En San Fierro, las cosas no son como era lo planeado, el garaje de Doherty se encuentra en una condición cuestionable, pero Kendall sugiere reparar el lugar y generar dinero limpio.
Kendall aunque no sea un personaje de acción directa como Sweet, si influye en el pensamiento de CJ, ella abre los ojos del protagonista y hace entrar en razón a CJ sobre su nueva vida lejos del barrio, es quien propone reparar el garaje y meterse en el terreno de compra de propiedades.
Ahora tiene un nuevo objetivo, sacar a Sweet de la cárcel, dejando la vida de la banda de lado, la ciudad de San Fierro marca un antes y un después, iniciando una nueva etapa centralizada en los negocios para construir su imperio económico, con una nueva personalidad distanciada de sus orígenes.
CJ regresa a Los Santos, no al barrio que le vio crecer, sino a un barrio rico al otro lado de la ciudad.
CJ se ha forjado una nueva vida y no tiene a nadie de su pasado para traerlo de vuelta a liderar la banda, pues a perdido todo el interés.
Muy cerca del final del juego, Mike Toreno cumple su palabra y saca a Sweet de la cárcel, por fin CJ había logrado su objetivo, sin embargo el reencuentro no fue cálido.
CJ se ha vuelto a alejar del barrio, lo más importante para Sweet, quien ahora le hecha en cara por haberlos abandonado ya que el se encargaba de todo para que su familia estuviese bien y no tuviera problema.
Tras estas palabras, CJ regresa toda la ayuda y paga toda deuda con el pasado, ayudando a Cesar a recuperar su banda, a Madd Dogg para compensar su robo de sus rimas al inicio del juego.
Llegada la antepenúltima misión "Riot", se transmite por televisión el juicio de Tenpenny quien sale declarado como inocente, Los Santos se sume en el caos.
Para el final del juego, CJ ya ha saldado su deuda con todos de su pasado, salvo la deuda con Sweet y su familia por haberlos abandonado por cinco años.
El reencuentro con Big Smoke es un momento importante para CJ, pero a este primero no parece importarle y cuando esta a punto de morir, confiesa que todo fue simplemente por poder y dinero y siendo peor, Big Smoke nunca se arrepintió.
Quedando Tenpenny como cabo suelto, los hermanos Johnson lo enfrentan en una persecución por todo Los Santos y con mucha suerte, Tenpenny se mata solo cayendo del puente que da entrada al hogar de CJ, el lugar de a quienes tanto fastidio.
Finalmente, CJ se burla del cadáver de Tenpenny a modo de descargo.
La historia de GTA San Andreas es la de un joven que huye del pasado y de sus responsabilidades, una tragedia lo obliga a regresar a su ciudad natal, enfrentarse a su pasado.
Durante el transcurso de la historia lo vuelve a hacer, abandona su pasado y su hogar aunque al final recapacita y salda sus deudas.